什么是双轨制？双轨制，从这个词的表面含义来看，是指在某一领域存在两种不同的制度安排，即体制内(行政命令)和体制外(市场调节)，而这两种制度安排都是国家承认的。这是在中国由计划经济向市场经济过渡的特定历史背景下产生的一个具有中国特色的词。
在当时，计划经济仍然占主导地位，也就是说，它依靠权力和行政命令来实现资源配置，而不是资本的自由流动。在这种情况下，如何平稳过渡到市场经济成为关键问题，双轨制就是在这种环境下出现的。双轨制度是中国渐进式改革的典型特征。借助体制内外两套规则，国家一方面保护和封闭既得利益，另一方面促进和发展市场和新生力量，依靠后者的不断发展实现市场化改革。
股权双轨制是指在资本市场上中国，流通股和非流通股并存的一家上市公司的总股份。上市公司向社会公开发行的股票可以流通。而上市公司股份总数中的国有股、法人股不能流通。股权双轨制直接的后果就是两种不同类型的股权在流通或转让中有完全不同的定价方式。流通股的价格是由市场决定的，这取决于资金注入股市的总供给、流通股的总供给(所谓“扩张速度”)、国家宏观经济的表现和经济政策的变化、上市公司的表现以及广大股票投资者对上述因素变化的预期等。它取决于各种不同的市场因素，涉及面很广。非流通股的价格与此无关。基本取决于上市公司的每股净资产(国有股转让或法人股拍卖时，定价的依据一般是每股净资产)。在这样的制度下，不言而喻，两种股权的价值观是有所偏离的。不了解股权结构是什么的可以点击学习一下。
现在来看，双轨制相当于拥有两种规则。可以想象，在同一条道路上行驶，面临着向左行驶和向右行驶的双重规则。在市场化改革初期，由于政府统一定价的商品和市场调节的商品的存在，当计划价格与市场价格差距过大时，一些不法分子就会钻制度的空子，搞权钱交易，赚取差价，从中获利。随着改革的深入，市场经济的建立和逐步完善，双轨制之间的差距越来越小。2013年，中共第18届三中全会正式提出“市场在资源配置中起决定性作用”，标志着中国已经从价格双轨制回归到市场主导的单轨制。